จุลินทรีย์ก่อโรคในอาหาร หมายถึง จุลินทรีย์เช่น แบคทีเรีย เชื้อรา ไวรัส พยาธิและโปรโตซัว ที่ก่อให้เกิดโรคในคน โดยผ่านทางอาหารหรือน้ำเป็นหลัก ซึ่งอาหารที่มีการปนเปื้อนของเซลล์จุลินทรีย์ก่อโรคหรือสารพิษ จะทำให้ผู้บริโภคเจ็บป่วย จากโรคที่เกิดจากอาหาร โดยสามารถจำแนกได้ 3 ลักษณะ ได้แก่ โรคอาหารเป็นพิษ โรคติดเชื้อจากอาหารและโรคจากสารพิษ ที่จุลินทรีย์สร้างขึ้นในร่างกายมนุษย์